実際にはAppSync自体が対応しているのはAurora Serverlessで、それ以外のRDSにはLambda経由でアクセスする必要があります。Aurora Serverlessを使う場合はその特性を、Lambda経由で使う場合はAppSyncでLambdaを使う場合の特性や注意点に加えてLambdaからRDSを使う場合の特性や注意点を考慮する必要がありますね。Lambdaの場合は単一ファンクションにするか複数ファンクションにするかも一長一短です。